1. 사건 개요
ㄱ. 바른이 대리한 당사자는? : 00세무서장(피고)
ㄴ. 사건의 배경
건설 및 부동산매매업을 영위하는 원고 회사는 신탁회사들에게 사업부지의 소유권, 공사도급 계약자의 지위 등을 이전하여 수탁자인 신탁회사들이 아파트 등 건물을 신축하여 분양하는 사업의 시행자가 되고, 위탁자인 원고 회사는 사업비를 조달하기로 하는 내용의 관리형 토지신탁계약을 체결하였습니다. 신탁회사들은 건물신축사업을 진행하여 2015년 제1기와 2016년 제2기에 아파트 등을 분양하였고, 원고 회사는 이에 따른 부가가치세 납부의무자가 위탁자인 원고 회사임을 전제로 분양 관련 매출세금계산서를 발급하여 이를 매출세액의 과세표준으로 하는 한편, 공사용역과 관련한 매입세액을 공제하여 2015년 제1기 부가가치세 1,604백만원, 2016년 제2기 부가가치세 2,722백만원을 각 신고·납부하였습니다. 이후 대법원이 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결(이하 "이 사건 전원합의체 판결"이라 합니다)을 통해 신탁재산과 관련한 부가가치세 납부의무자는 위탁자가 아닌 수탁자라고 판시하자, 원고 회사는 2015년 제1기 2,857백만원, 2016년 제2기 8,311백만원(각 매입세액 미반영, 매출세액만 기준으로 한 금액)을 각 환급해달라는 경정청구를 하였으나, 피고 00세무서장은 매출세액을 감액하고 관련 매입세액을 불공제(환수)한 환급금액 2015년 제1기 999백만원, 2016년 제2기 3,266백만원(환급가산금 포함)만을 각 원고 회사에 환급하였습니다.
ㄷ. 소송 내용
원고 회사는 이 사건 전원합의체 판결이 선고되기 이전에 신탁재산과 관련한 부가가치세의 납부의무자는 '위탁자'라는 법리에 따라 위탁자인 자신이 매입처로부터 공사용역을 제공받고 매입세금계산서의 수취와 함께 매입세액을 실제 납부한 사실과 원고 회사에게는 '공제하지 아니하는 매입세액'을 규정한 부가가치세법 제39조의 사유가 존재하지 아니한 점을 들어, 이 사건 전원합의체 판결 선고 이후 위탁자인 원고 회사에게 기납부세액을 환급할 때 매출세액만을 환급하고 기존의 매입세액 공제는 그대로 인정{매입세액 불공제(환수)를 배제}하여야 한다고 주장하며 피고 00세무서장을 상대로 경정청구일부거부처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였습니다.
2. 판결
2015년 제1기 – 서울고등법원 2024. 11. 13. 선고 2023누57373판결,
2016년 제2기 - 대법원 2024. 10. 8. 선고 2024두44648 판결
3. 판결의 근거
이 사건 전원합의체 판결의 주된 논거는 '수탁자가 신탁자로부터 이전받은 신탁재산을 관리·처분하면서 재화를 공급하는 경우 수탁자 자신이 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 계약당사자가 되어 신탁업무를 처리한 것이므로, 이때의 부가가치세 납부의무자는 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 그 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자로 보아야 한다'는 것인바, 여기에 부가가치세법은 부가가치 창출을 위한 '재화 또는 용역의 공급'이라는 거래 그 차제를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득이나 부가가치를 직접적인 과세대상으로 삼지는 않는 점까지 보태어 보면, 거래에서 얻은 소득이나 부가가치의 최종 귀속 주체인지 여부를 불문하고, 그 거래의 외형상 재화 등을 공급받은 수탁자가 매입세액을 공제받는 주체에 해당하지, 위탁자인 원고 회사는 매입세액 공제를 받을 수 없다고 판단하였습니다.
4. 바른의 주장 및 역할
이 사건 전원합의체 판결은 신탁재산과 관련한 부가가치세 납부의무자를 수탁자로 본 것이지, 원고의 주장처럼 매출세액과 매입세액을 분리하여 매출세액의 납부의무자만을 수탁자로 보고 매입세액 공제를 받을 주체는 여전히 위탁자인 것으로 본 것이 아닌 점, 원고가 들고 있는 유럽사법재판소의 판결례는 독일의 유한회사 및 합자회사의 '사업양도'에 관한 사건을 배경으로 하고 있어, 이 사건과 같이 '신탁'재산과 관련한 부가가치세 납부의무자를 판단하기 위해 인용하는 것은 적절하지 않은 점, 이 사건 전원합의체 판결 이후 개정 부가가치세법령의 개정이유와 그 취지에서 명백히 위탁자가 아닌 '수탁자'에게 매입세액 공제를 인정하기 위해 '기재사항이 사실과 다른 세금계산서'로는 원칙적으로 매입세액 공제가 불가하다는 법리의 예외까지 마련하여 위탁자(과거에 실제로 매입세액을 납부했던 자) 명의로 되어 있는 매입세금계산서로도 수탁자가 매입세액 공제를 받을 수 있음을 명문으로 입법화한 사실을 주장하고 입증하여 00세무서장의 승소를 이끌어냈습니다.
5. 판결의 의미
이 사건 전원합의체 판결 이후 위탁자들이 매입세액 불공제(환수)를 회피하고 매출세액만을 환급받고자 신청하는 경정청구가 다수 있었고, 국세청 내부 예규도 신탁재산 공급과 관련한 세금계산서의 명의는 '위탁자'로 보면서도 '위탁자' 명의의 세금계산서로는 수탁자가 매입세액 공제를 받을 수 없다고 보는 등 다소 통일되지 않은 모습을 보였으나, 이 사건 판결을 통해 과거 실제로 매입세액을 납부했던 위탁자라 할지라도 매입세액 공제를 받을 주체는 부가가치세의 납부의무자인 수탁자라는 점을 확실히 하여 경정청구 처리의 통일성을 꾀할 수 있습니다. 그리고 납세자의 입장에서도 신탁 관련 당사자인 위탁자와 수탁자 사이에서 기존에 위탁자가 실제 납부했던 매입세액은 수탁자와의 내부적인 관계에서 정산받을 문제이지, 과세관청에 경정청구를 통해 해결할 수 있는 사항이 아님을 알 수 있는 지침과 같은 판결이라 할 수 있습니다.
□ 담당 변호사 : 최주영ㆍ백종덕 변호사
