1. 사실 관계
유리병 및 유리소재 제조업을 운영하는 원고는, 1992년 경 공장시설의 건축허가를 받고 건축한 유리 제조 공장을 1996년경 인수하여 가동해오던 중, 2012. 8. 21. 관할 행정청으로부터 유리 제조 공장 용지의 일부가 농지에 해당하니 해당 농지 상에 위치한 공장시설 등을 철거하고 원상회복할 것을 명령하는 처분을 받았습니다. 이에 원고는 위와 같은 행정처분이 부당하니 이를 취소해달라는 소를 제기하였습니다.
 
한편, 원고는 이와 별도로 위와 같은 농지부분에 있는 공장시설을 합법화하기 위하여 관할 행정청에게 공장증설승인신청을 하였으나, 2013. 2. 8. 관할 행정청으로부터 ‘불법 농지전용 및 불법 시설물 등에 대하여 보완요구하였으나 보완이 불가하다는 답변서를 제출하였다’는 이유로 이를 거부하는 처분을 받았습니다. 이에 원고는 위와 같은 거부처분 또한 부당하니 이를 취소해 달라는 소를 제기하였습니다.
 
2. 판결의 요지
법원은, 허가권자의 시정명령과 원상회복명령은 재량행위에 속하는바,
이 사건 공장시설 등은 허가받고 지은 건축물·공작물로서 무단증축·축조한 것이라고 볼 수 없고 위법한 건축물이라고 단정할 수 없는 점 ,
이 사건 농지는 국토계획법에 따른 계획관리지역으로 공장부지와 접하고 있으며 가까운 곳에 큰 도로가 지나고 있는 등 농지로 원상회복하기 어려워 보이고 그대로 방치한다고 하더라도 농지법에 심히 위반된다고 보이지 않는 점 ,
유리병 제조업의 특성상 일부 시설을 철거하고 농지전용허가를 받아 재건축하는 동안 핵심 제조시설인 용해로의 가동도 중지될 수밖에 없으므로 이 사건 공장시설 등을 철거하고 이 사건 농지를 회복한 후 공장시설을 재시공하게 하는 것은 사회경제적으로 무익한 비용을 들게 할 뿐이라는 점
등을 고려할 때 피고의 시정명령 및 원상회복명령은 사실을 오인한 것이거나 , 관련 법규에 근거한 것이라고 하더라도 피고가 달성하려고 하는 공익에 비하여 원고의 사익을 과도하게 침해하는 것이어서 비례의 원칙에 위반되어 재량권을 일탈·남용한 위법한 처분이라고 판단하였습니다 . 또한 , 법원은 위 공장증설승인신청에 대한 거부처분 또한 위와 같은 취지로 재량권을 일탈·남용한 위법한 처분이라고 판단하였습니다 .
이에 대하여 피고가 항소하지 않아 위 판결은 확정되었습니다.
3. 판결 의미
이 사건은 20여년 간 원고가 운영해 온 공장의 일부 부지가 농지라는 이유로 행정청이 시정명령 및 원상회복명령을 한 것이 과연 적법한 처분인지, 그리고 농지에 위치한 공장시설이 불법 농지전용 및 불법 시설물이라는 이유만으로 이를 합법화하기 위한 공장증설승인신청을 거부한 것이 과연 적법한 처분인지 여부가 쟁점이 된 사건으로서, 피고는 농지 보전의 공익적 측면을 강조하는 한편 원고의 청구가 인용될 경우 전국의 수많은 불법 농지전용 사례가 정당화되는 결과가 된다는 등의 이유로 맹렬히 다투었던 사건이었습니다.
법무법인(유한) 바른은, 이 사건 농지의 경우 공부상 지목만 농지일 뿐 20여년 간 공장용지로 사용되었고, 도시화가 진행되고 있는 지역으로서 농지로 원상회복하여야 할 필요성이 없으며, 이 사건 농지 및 공장시설은 농지법상 농지전용허가 제한사유에 해당하지 않고, 특히 이 사건 공장시설은 유리병 생산 설비의 특성상 각 공장 설비가 유기적으로 연결되어 있어 일부만 철거하는 것은 사실상 불가능하고 철거하는 경우 과도한 비용 및 위험성을 창출한다는 점에 관하여 현장검증 신청 등을 통하여 입증하는 등 원고 주장의 타당성을 뒷받침하기 위한 유효적절한 소송 전략을 수립하고 깊이 있게 변론하였고, 이에 법원은 원고의 청구를 받아들여 위 각 처분을 취소한 판결입니다.
행정청의 처분이 형식적·기계적으로 이루어져 처분 당사자의 사익을 과도하게 침해하고 불필요한 사회경제적 손실을 야기하여 문제가 되는 경우가 많은 상황에서, 위 판결은 처분을 통하여 보호하여야 할 공익에 비하여 사익이 과도하게 침해되는 행정처분에 대하여 제동을 걸고 재량권을 일탈·남용한 위법한 처분이라고 판시함으로써 행정 처분에 있어 재량의 일탈·남용 및 비례의 원칙 위반에 관한 기준을 제시하였다는 점에서 상당한 의미가 있는 판결이라고 할 것입니다.