감사원은 S물류가 신문 공동수송노선 사업과 관련하여 지급받은 국가보조금을 본래 목적과 달리 사용하고, 그 과정에서 정산을 허위로 보고하였다고 보아, S물류 관계자들을 업무상횡령 및 「보조금 관리에 관한 법률」 위반 혐의로 직고발하였습니다.

문제된 사업비는 관리비와 수송비로 구분되어 논의되었는데, 감사원은 S물류가 그중 관리비를 지역별 협력업체에 과다하게 지급함으로써, 용도와 목적이 엄격히 제한된 국가보조금을 임의로 다른 용도에 사용하였다고 판단하였습니다. 

첫째, 「보조금 관리에 관한 법률」상 용도 외 사용이 성립하려면, 보조사업자가 지급받은 보조금을 당초 정해진 용도와 달리 사용하였음이 인정되어야 합니다. 그러나 이 사건 신문 공동수송노선 사업에서는 보조금이 애초부터 관리비와 수송비 등 세부 항목별로 구분되어 지급되지 않았습니다. 또한 사업 집행 구조상, 지역별 협력업체에 지급된 금원 중 얼마가 관리비이고 얼마가 수송비인지 객관적으로 특정할 수 없는 상태였습니다. 따라서 협의 과정에서 사용된 '관리비'라는 표현만으로 이를 곧바로 법률상 용도 외 사용 판단의 기준이 되는 '용도'로 볼 수 없다는 점을 지적하였습니다.

둘째, S물류는 사업 수행 과정에서 관리비·수송비 등 세부 항목별 금액 배분에 관하여 상당한 재량을 가지고 있었고, 사업 주관자인 H재단 역시 개별 항목의 액수나 지급 방식에 관하여 구체적으로 특정하거나 지시한 바 없었습니다. 그렇다면 사후적으로 일부 항목의 지급 규모만을 들어 '과다 지급'이라거나 '임의 사용'이라고 평가하는 것은 허용될 수 없다는 점을 강조하였습니다.

셋째, 바른은 감사원 조사 과정에서 작성되거나 정리된 자료를 근거로 사후적으로 사업비 항목을 구분한 뒤, 이를 전제로 형사책임을 구성하는 것은 부당하다는 점도 함께 주장하였습니다. 즉, 설령 자료상 항목 구분이 존재하더라도, 그것이 사업 시작 단계에서 외부적으로 확정된 보조금의 '용도'라고 볼 수 없는 이상, 해당 자료만으로 용도 외 사용 여부를 판단할 수는 없다는 논리를 전개하였습니다.

검찰은 바른의 주장을 받아들여, 업무상횡령 및 「보조금 관리에 관한 법률」 위반 혐의 전부에 대하여 무혐의 결정을 하였습니다.

이 사건은 감사원의 조사와 처분을 거쳐 직고발로 이어진 사안이었고, 신문 공동수송노선 사업의 특성상 이해관계자도 다수여서 S물류에 불리한 진술과 자료가 적지 않았습니다. 그럼에도 바른은 사업 구조와 자금 집행 방식에 대한 면밀한 사실관계 조사, 보조금 관련 법리의 정교한 분석, 그리고 고발 논리의 구조적 허점을 짚는 소명을 통해 전부 무혐의라는 결과를 이끌어냈습니다.

본건은 보조금 사건에서 형식적인 항목 구분이나 사후적 정산자료만으로 곧바로 형사책임이 인정되는 것은 아니며, 사업 초기의 보조금 지급 구조, 보조사업자의 재량 범위, 실제 집행 방식 등을 종합적으로 검토하여야 한다는 점을 잘 보여주는 사례입니다.