S사는 법인세 세액공제 또는 이월공제 대상인 연구, 인력 개발비(이하 '이 사건 연구비 등'이라 합니다)를 지출하였으나, 최저한세 미달 등으로 인하여 이 사건 연구비 등을 사업연도의 법인세에서 세액공제 또는 이월공제 받지 못하였습니다.

​S사는 이 사건 연구비등과 관련하여, 구 조특법 제144조 제1항 등에 따른 이월공제를 적용하여, 2014, 2017 사업연도의 법인세를 신고 및 납부하였으나, 같은 기간의 법인지방소득세를 신고 및 납부할 때에는 독립세 방식으로 변경된 과세체계로 인하여 구 조특법 제144조 1항에 따른 이월공제를 적용하지 않았습니다.

그 후, S사는 개정된 지방세법 부칙의 경과규정(이하 '이 사건 경과규정'이라 합니다)을 근거로 이 사건 연구비 등과 관련한 2014, 2017 사업연도 법인세 이월공제의 효과가 같은 기간 법인지방소득세에도 미친다고 주장하며, 2018. 10. 5. 당초 신고 및 납부한 법인지방소득세액의 일부 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나, 행정청은 이를 거부하였습니다.

원심은 구 지방세법 및 조특법 규정들에 대한 S사의 기득권 내지 신뢰 보호를 위해 2014, 2017 사업연도 법인지방소득세에 대하여 이 사건 경과규정을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용하여야 한다고 판단하였고, 이러한 원심 판단의 당부에 관하여 이 사건 경과규정의 해석이 쟁점이었습니다.

​3. 바른의 역할

바른은 행정청을 대리하여, 원심의 판단에는 이 사건 경과규정의 ‘종전의 규정’의 범위에 관한 법리 오해가 있었고, 이 사건 경과규정 적용 요건에 관한 법리 오해가 있었으며, 신뢰보호 필요성에 관한 법리 오해가 있었음을 주장하였습니다.

​4. 대법원의 판단

대법원은 다음과 같은 이유로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리 판단하도록 원심법원에 환송하였습니다.

1) 이 사건 경과규정은 이 사건 개정에 따른 신․구 법령의 적용관계를 정한 것이므로, 여기서 말하는 ‘종전의 규정’은 이 사건 개정의 대상이 된 구 지방세법 본칙만을 가리킨다고 보아야 한다. 따라서 구 지방세법 본칙에 있지 않고 이 사건 개정 대상이 되지도 않은 구 조특법 제144조 제1항 등은 위 '종전의 규정'에 해당한다고 볼 수 없다.

2) 또한 구 조특법 제144조 제1항 등은 법인세에 대한 세액공제․이월공제 규정일 뿐 지방소득세 법인세분에 대한 조세감면 등을 정한 규정도 아니다.

3) 구 지방세법 본칙에 있는 구 지방세법 제89조 제1항, 제94조 제1항은 이 사건 개정의 대상이 된 규정이기는 하나, 지방소득세 법인세분의 산출방법만 규정하였을 뿐 그 규정에서 직접 지방소득세 법인세분에 관한 조세감면 등을 명시하였다고 볼 수 없다.

4) 결국 이 사건에는 '장래의 한정된 기간 동안 조세감면 등을 명시적으로 규정한 종전의 규정'이 존재한다고 볼 수 없으므로, 2014, 2017 사업연도 법인지방소득세에 대하여 이 사건 경과규정을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용할 수는 없다.

​5. 시사하는 바

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 개정법 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상, 관련 경과규정인 부칙의 해석에 있어 그 범위를 함부로 확장해석 할 것이 아님을 다시 한번 확인한 의미있는 결정입니다.

□ 담당변호사: 박창렬, 김경연 변호사