[조세]국가 및 지방자치단체가 사업자에게 지급한 보조금이 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부

1. 판결요지

국가 및 지방자치단체가 보조금을 출연하고,

사업자가 해당 보조금을 교부받아 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」, 「보조금 관리 조례」 등에 따라 지출하였으며,

국가 및 지방자치단체가 해당 사업자로부터 직접 용역을 제공받는다고 볼 수 없고,

용역을 제공받는 자를 특정할 수 없는 등 사업자가 보조금을 받아 수행한 사업과 보조금이 직접적인 대가관계가 있다고 볼 수 없다면,

위 보조금에 대하여 부가가치세를 과세할 수 없다.

2. 사실관계

원고는 광고물 등 제조, 행사대행, 연구용역 등을 영위하는 사업자로 국가, 광역자치단체 및 기초자치단체가 각 출연한 보조금을 지급받아 각종 업무를 수행하였습니다. 과세당국은 원고가 교부 받은 보조금을 국가 등에 용역을 제공하고 교부 받은 대가로 보아 이에 대한 원고의 부가가치세 경정청구를 거부하였습니다.

3. 판결 의미

부가가치세법은 보조금 등에 대하여 과세표준에서 제외하고 있으나, 과세당국은 재화나 용역에 대한 대가로서의 성질이 있는 보조금은 과세표준에 포함된다고 해석하여 왔습니다. 그런데 보조금을 교부하는 국가나 지방자치단체는 보조금은 부가가치세 과세대상이 아니라고 보아, 사업자에게 보조금 교부시 부가가치세를 별도로 지급하지 않습니다. 따라서 보조금을 받는 사업자로서는 국가 등으로부터는 부가가치세를 받지 못하는데, 과세당국으로부터는 부가가치세를 부과, 징수당하게 되는 부당한 경우가 생기기도 합니다.

본 사안도 이에 관한 것으로, 법무법인(유한) 바른 조세팀 담당변호사들은 당해 보조금의 법적 성격, 구체적인 사실관계, 보조금 교부 행정청의 권한관계 등을 면밀히 주장, 입증하여 본 건에서 승소할 수 있었습니다.